Glenelgは本来、ユーザーが何もしなくても自律動作をする仕組みを持っています。が、ユーザー操作はその自律判断よりも上位の位置付けになります。そのため、ユーザー操作による動作指示が行われた場合、ホムンクルスは自律動作を一時的に停止し、ユーザー操作の実行に専念します。その結果、自律動作で行っていたいくつかのチェックは無視され、例えば以下のようなことが起きます。